Santana do Deserto nasce oficialmente pelo artigo 3º da lei provincial nº875 de 4 de junho de 1858, mas já em 1852 existia pela doação de terras feitas por Cândido Ferreira da Fonseca e pela futura baronesa de Juiz de Fora, Camila Francisca Ferreira de Assis, sua esposa. Recebe o nome de Santana do Deserto, pois as fazendas donatárias tinham esses nomes.
Segundo colocação retirada da coleção Álbum de Juiz de Fora “o arraial está colocado em um vale por onde corre o ribeirão denominado Cágado Pequeno e a sua altitude é de 300m, mais ou menos. O clima é temperado e muito saudável.”
De povo tranquilo e hospitaleiro Santana do Deserto é um pequeno município incrustado num vale, nas franjas da mata Atlântica e na Zona da Mata, na raiz da Serra da Mantiqueira. Está também colocada entre os municípios do complexo do Vale do Paraíba. Suas cachoeiras magníficas são testemunhas daquilo que chamamos o pulsante coração de Minas.
Pela lei estadual de 07 de setembro de 1923, o distrito em referência foi desmembrado de Juiz de Fora para integrar o novo município de Mathias Barbosa assim permanecendo até 12 de dezembro de 1953, cem anos após a inauguração de sua igreja. Por força da lei estadual nº 1039 assinada neste dia cria-se o município de Santana do Deserto.
Desde sua criação até a década de 70 era servido principalmente pelo transporte ferroviário, sendo as estações localizadas na sede e nos povoados. A primeira estação ferroviária em território mineiro foi a do município situada no povoado de Serraria, inaugurada em setembro de 1874, é a única por onde ainda passa o trem, muito embora como estação esteja desativada.
Nos dias atuais o transporte é feito exclusivamente por via Rodoviária, sendo a população servida pelo serviço de transporte da Viação Sertaneja que disponibiliza vários horários para que se possa chegar até Três Rios-RJ e Juiz de Fora – MG.
O aspecto geral de seu território é montanhoso, com paisagens belíssimas e lindas cachoeiras. Sua área é de 194 km². Sua economia é de base agropecuária, no seu início plantava-se muito café, feijão, milho e cana de açúcar, produtos que eram escoados pela ferrovia. A pecuária é mais forte nas últimas décadas com o advento da criação do gado Holandês para a produção de leite e dos gados Nelore e Braman para o corte. Há também cavalos em algumas propriedades, sobretudo a Manga-larga Marchador. Também oferece serviços em seu tímido comércio e a indústria é representada pelas fábricas: Patês Bunel, Fábrica de Vassouras Santana, Sucos da Serra e Carolipe Malhas.